申请港澳通行证流程如下：
1、提交申请。申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料；
2、数码照相。申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照；
3、采集指纹。申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理；
4、受理申请。工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人；
5、缴纳费用。申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单；
6、制作证件。受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构；
7、发放证件。申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件；若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
申请港澳通行证需要的资料如下：
1、《中国公民出入境证件申请表》1份，申请人近期正面蓝底光面彩色照片1张，并提交照片回执；
2、申请人居民身份证及复印件；
3、国家工作人员（登记备案人员）同意出境的证明；
4、未满16周岁的申请人应当提交监护证明，以及一方监护人的居民身份证或护照等身份证明及复印件；
5、申请事由相关的证明材料。
法律依据：《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第六条
内地公民因私事前往香港、澳门，须向户口所在地的市、县公安局出入境管理部门提出申请。
第九条
内地公民因私事申请前往香港、澳门，须回答有关询问并履行下列手续：
（一）交验户口簿或者其他户籍证明。
（二）填写申请表；
（三）提交所在工作单位对申请人前往香港、澳门的意见；
（四）提交与申请事由相应的证明。
可以网上加签的，具体的操作方法为：
1、打开支付宝，点击更多选项。
2、在更多界面中，点击城市服务。
3、在跳转的城市服务界面中，点击政务选项。
4、选择港澳台签注。
5、在跳转的界面中，选择港澳签注。
6、选择续签业务。
7、选择户籍所在的省份。
8、填写个人相关信息。
9、之后即可完成续签申请。
法律分析：方法一：办理港澳通行证续签手续，需要前往户口所在地的公安局出入境管理部门办理，即第一次办理《港澳通行证》的地方。方法二：自助办证大厅的自助机：点击左上角的续签按钮，选择电子通行证签注。插入电子通行证后，选择前往地和次数。核对好个人的申请信息后点击下一步。等待制卡，然后核对制卡信息。最后取卡就可以了。
法律依据：《中华人民共和国出境入境管理法》第十条中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。
1、方法一：办理港澳通行证续签手续，需要前往户口所在地的公安局出入境管理部门办理(即第一次办理《港澳通行证》的地方)。
2、方法二：自助办证大厅的自助机：
点击左上角的“续签”按钮，选择电子通行证签注。
插入电子通行证后，选择前往地和次数。
核对好个人的申请信息后点击“下一步”。等待制卡，然后核对制卡信息。最后取卡就可以了。
在使用自助机办理个人游续签后，自助机屏幕上会显示下次可办的日期，下次再自助机上办理需要过了此日期，否则只能网上申请办理。
3、方法三：支付宝：
打开支付宝，选择“更多”。
在“便民生活”栏找到“城市服务”。
在“办事大厅”栏找到“政务”。
在“出入境”栏找到“港澳台签注”。
选择户口所在地。
户籍选择完成后，选择自己需要去的次数。
点击下一步，填写申请人信息，收发地址，注意收件和寄件一致。
最后，点击付款。
在网上办理港澳通行证如下：
1、登录出入境网站按提示要求填写好相应内容；
2、在申请的第四个工作日后可登录网站查询申请是否已受理；
3、申请受理后申请人可以在第十个工作日后凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。
一旦网上申请获得审批通过，并制作签注，不管申请人是否领取或使用，都必须按规定交纳费用。拒不交费的，公安出入境部门将记录在案，申请人再次申请时，公安出入境部门将会视情况给予相应的处理。
以广东省为例：
1、首先打开所属市的公安局出入境便民网
2、打开公安局出入境便民网页面后，找到办证业务中的个人业务，在个人业务下面根据自己的实际情况选择广东省户籍或非广东省户籍，若你是非广东省户籍请点击非广东省户籍，点击后网页跳转到非广东省户籍的个人业务办理页面
3、在非广东省户籍的个人业务办理页面中根据自己的实际情况选择，现以已有通行证，申请往来港澳个人旅游签注为例，点击已有通行证，申请往来港澳个人旅游签注，点击后页面跳转到已有通行证，申请往来港澳个人旅游签注页面
4、在已有通行证，申请往来港澳个人旅游签注页面把如图所示的第1项，第2项，第3项全部选中，然后点击下一步
5、进入申请协议书页面，阅读申请协议书后选择接受
6、根据自己的实际情况，把自己的个人信息填完后，在是否邮寄一栏选择是，并填好自己的收件地址和联系方式，邮编，最后签名，选择下一步
7、会弹出确认页面，，如果确认自己填的信息准确无误就确认提交，提交后就坐等快递来取你的港澳通行证
港澳通行证俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
法律依据
《中华人民共和国边境管理区通行证管理办法》第十条申领《边境通行证》应当向常住户口所在地县级以上公安机关或者指定的公安派出所提出申请。有下列情形之一的，凭单位证明，可以向非常住户口所在地的县级以上公安机关或者指定的公安派出所提出申请：
（一）常住户口所在地与工作单位所在地在同一城市，但不在同一辖区的人员；
（二）中央各部委和省级人民政府的驻外办事处人员；
（三）已在非常住户口所在地暂住一年以上的人员；
（四）因工作调动，尚未办妥常住或者暂住户口的人员；
（五）因紧急公务，确需前往边境管理区的国家工作人员。
《中华人民共和国边境管理区通行证管理办法》第十一条海外华侨、港澳台同胞凭有效证件向有关省、自治区、直辖市公安厅、局，或者县、市公安局申领《边境通行证》。
