法律分析：农民工工资保证金由建筑施工单位按规定存入。建设单位在拨付工程价款时，按第十条规定比例单独开列合同建筑企业农民工工资保证金支票，直接转入农民工工资保证金专户企业账户，所转入资金列入已支付工程款。
法律依据：《保障农民工工资支付工作考核办法》
第一条为落实保障农民工工资支付工作的属地监管责任，有效预防和解决拖欠农民工工资问题，切实保障农民工劳动报酬权益，维护社会公平正义，促进社会和谐稳定，根据有关规定，制定本办法。
第二条本办法适用于对各省(区、市)人民政府及新疆生产建设兵团(以下统称各省级政府)保障农民工工资支付工作的年度考核。
第三条考核工作在国务院领导下，由解决企业工资拖欠问题部际联席会议(以下简称部际联席会议)负责实施，部际联席会议办公室具体组织落实。考核工作从2017年到2020年，每年开展一次。
第四条考核工作坚持目标导向、问题导向和结果导向，遵循客观公正原则，突出重点，注重实效。
第五条考核内容主要包括加强对保障农民工工资支付工作的组织领导、建立健全工资支付保障制度、治理欠薪特别是工程建设领域欠薪工作成效等情况。
第六条部际联席会议办公室组织部际联席会议各成员单位制定年度考核方案及细则，明确具体考核指标和分值。
据报道，2017年，云南省将保障农民工工资支付纳入各级政府考核评价指标体系，同时还将实行工资保证金制度。
报道称，日前，人社部与住建部、交通部、水利部、人民银行等5部门出台了《关于进一步完善工程建设领域农民工工资保证金制度的意见，意见规定，工资保证金按工程建设项目合同造价的一定比例缴存，原则上不低于造价的1.5%，不超过3%。
《意见》规定，在同一工资保证金属地管辖区域（设区的市），缴存金额上限原则上不得超过500万元，但对缴存前2年内发生过拖欠工资行为的，工资保证金缴存比例适当提高，增幅不低于50%；对因欠薪被纳入失信黑名单的，增幅不低于100%，其提高比例后的缴存金额不受缴存金额上限限制。
工资保证金制度要求企业拿出一定比例的金额，作为向农民工发放工资的保证金，企业将保证金缴纳给社保或劳动管理部门，假如企业出现违规，劳动管理部门可以将保证金发放给农民工，以此维护农民工的权益。
法律主观：
农民工工资保证金制度和规定：为了严格规范用人单位的工资支付行为，要建立资支付监控制度和工资保证金制度；以及对于发生过拖欠工资的用人单位，强制在开户银行按期预存工资保证金，实行专户管理等。
法律客观：《国务院关于解决农民工问题的若干意见》第三条（六）建立农民工工资支付保障制度。严格规范用人单位工资支付行为，确保农民工工资按时足额发放给本人，做到工资发放月清月结或按劳动合同约定执行。建立工资支付监控制度和工资保证金制度，从根本上解决拖欠、克扣农民工工资问题。劳动保障部门要重点监控农民工集中的用人单位工资发放情况。对发生过拖欠工资的用人单位，强制在开户银行按期预存工资保证金，实行专户管理。切实解决政府投资项目拖欠工程款问题。所有建设单位都要按照合同约定及时拨付工程款项，建设资金不落实的，有关部门不得发放施工许可证，不得批准开工报告。对重点监控的建筑施工企业实行工资保证金制度。
工资保证金按工程施工合同额(或年度合同额)的一定比例存储,原则上不低于1%,不超过3%，单个工程合同额较高的,可设定存储上限。施工总承包单位在同一工资保证金管理地区有多个在建工程,存储比例可适当下浮但不得低于施工合同额（或年度合同额）的0.5%。施工合同额低于300万元的工程，且该工程的施工总承包单位在签订施工合同前一年内承建的工程未发生工资拖欠的，各地区可结合行业保障农民工工资支付实际，免除该工程存储工资保证金。
法律依据：《保障农民工工资支付条例》第三十二条施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。工资保证金实行差异化存储办法，对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位适当提高存储比例。工资保证金可以用金融机构保函替代。工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。
《工程建设领域农民工工资保证金规定》第十一条工资保证金按工程施工合同额(或年度合同额)的一定比例存储,原则上不低于1%,不超过3%，单个工程合同额较高的,可设定存储上限。施工总承包单位在同一工资保证金管理地区有多个在建工程,存储比例可适当下浮但不得低于施工合同额（或年度合同额）的0.5%。施工合同额低于300万元的工程，且该工程的施工总承包单位在签订施工合同前一年内承建的工程未发生工资拖欠的，各地区可结合行业保障农民工工资支付实际，免除该工程存储工资保证金。前款规定的施工合同额可适当调整，调整范围由省级人力资源社会保障行政部门会同行业工程建设主管部门确定，并报人力资源社会保障部、住房和城乡建设部、交通运输部、水利部、铁路局、民航局备案。
第十二条施工总承包单位存储工资保证金或提交银行保函后，在工资保证金管理地区承建工程连续2年未发生工资拖欠的,其新增工程应降低存储比例,降幅不低于50%;连续3年未发生工资拖欠且按要求落实用工实名制管理和农民工工资专用账户制度的,其新增工程可免于存储工资保证金。施工总承包单位存储工资保证金或提交银行保函前2年内在工资保证金管理地区承建工程发生工资拖欠的,工资保证金存储比例应适当提高,增幅不低于50%;因拖欠农民工工资被纳入“严重失信主体名单”的,增幅不低于100%。
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