需要防水工程资质的，是在住建部门办理的，具体办理流程如下：
资质办理流程
第一步，准备营业执照：申请资质前，建筑企业必须有营业执照。
第二步，根据申请的资质标准配备专业人员，同时要考取相应的证件：准备申请资质等级相应的技术人员资料一级建造师、二级建造师、高级工程师、工程师、九大员、技术工人等。
第三步，提出申请：办理资质的企业要以法人名义向企业注册所在地的区县建设行政主管部门提出书面申请，区县建设行政主管部门同意后，上报地、州、市建设局，地、州、市建设行政部门审查合格并签署意见，报厅建筑管理处。
第四步，审核批准：市住房和城乡建设局对申请资质的企业进行审核，主要审核企业人员、企业资产、工程业绩是否符合资质标准。
第五步，上报：申请资质的企业按照属地管理的原则向所在区建筑业管理部门提交资质申请材料原件及复印件，区建筑业管理部门初审合格后报市建管处。
第六步，公示：建管处对资质申请材料进行审核，对属于市级核准范围的资质进行公示，公示完成后，无异议的予以核准并报省建管局备案。
第七步，领证：企业在资质核准后，到市住建局工程科办理建造师注册手续，待领取注册建造师证书后，再领取资质证书。
防水工程只是建筑工程施工项目中的一个分项，并不需要资质
但需按照国家相关施工规范进行施工
按防水工程的各项要求进行材料的报验、检测、验收
办理资质所需要提供的材料一、营业执照副本复印件二、企业机构代码复印件三、税务登记证复印件四、公司章程复印件五、房屋租赁合同复印件六、验资报告复印件七、企业法人、财务负责人、经营负责人、技术负责人任命文件；身份证；毕业证；职称证；照片5张一寸八、项目经理身份证；毕业证；职称证；照片5张;（能代表该工程项目业绩的施工合同;担任该项目负责人的证明文件；工程竣工验收备案表或工程质量安全评价证明。九、企业有职称的工程技术及经济管理人员职称证；毕业证；身份证；聘用合同等。十、企业所有相关工程技术人员及经济管理人员的养老保险。十一、施工机械及质量检测设备购买发票、调拨单、设备台帐等。十二、代表工程资料（中标通知、设计总图、施工合同、竣工验收报告或竣工备案表；如以上资料不能反映工程的技术指标，企业还应提供能反映工程技术指标的设计图纸、施工许可证、工程量清单、工程结算等有关证明材料。达不到《标准》要求的工程不能作为代表工程）。十三、企业近3年财务报表（资产负债表、损益表、新成立企业不提供）。十四、企业统计报表（最新年度C101表及近3年C102、C103表。（建设部、国家统计局统计报表，新成立企业不提供）。十五、加工厂房房产证或租赁合同。（按《标准》要求提供，《标准》未明确要求的不提供）十六、需要提供的其他有关证明文件、资料。
防水施工资质证书在工商局办理才有用。
初次申请办理防水资质的企业需要经过的流程大致是：领取营业执照、提出申请、上报、初审、审核、核准、领取资质证书。办理防水资质需要以下步骤：
第一，从事防水施工的企业到工商局领取营业执照;
第二，申请防水防腐保温工程专业承包资质的企业以法人名义向建设行政主管部门提出书面申请。
第三，办理防水资质要按照属地管理的原则向所在地建筑业管理部门提交资质申请材料原件及复印件;
第四，建管处对申请防水资质的材料进行审核，对属于市级核准范围的资质进行公示;
第五，属于市级核准范围的资质公示完成后，无异议的予以核准并报省建管局备案;再领取防水防腐保温工程专业承包资质资质。
