法律分析：对重大行政决策草案的合法性审查可根据《重大行政决策合法性审查制度》进行审查，为了健全科学、民主、依法决策机制，规范重大行政决策程序，提高决策质量和效率，明确决策责任，根据宪法、地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法等规定，国家制定了此条例。
法律依据：《重大行政决策合法性审查制度》第五条要将形成的重大行政决策草案送交政策法规股进行合法性审查，同时附送下列材料：
(一)决策草案说明；
(二)依据的法律、法规、规章，国家和省、市的相关政策，以及上级部门的有关规定；
(三)重大行政决策事项的施行方案、可行性说明以及外地经验；
(四)论证结论和反映各方意见的相关材料；
(五)进行合法性审查需要的其他资料。
具体行政行为合法性审查的内容有哪些?
(1)合法审查。合法的具体行政行为必须证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的。被诉具体行政行为具备以上条件时，判决维持。
(2)违法审查。具体行政行为有下列情形之一的，判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出具体行政行为：
⒈主要证据不足的;
⒉适用法律、法规错误的;
⒊违反法定程序的;
⒋超越职权的;
⒌滥用职权的。
行政案件由最初作出具体行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，复议机关改变原具体行政行为的，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。
两个以上人民法院都有管辖权的案件，原告可以选择其中一个人民法院提起诉讼。原告向两个以上有管辖权的人民法院提起诉讼的，由最先收到起诉状的人民法院管辖。
人民法院发现受理的案件不属于自己管辖时，应当移送有管辖权的人民法院。受移送的人民法院不得自行移送。
有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。
(3)不履行法定职责审查。被告不履行或者拖延履行法定职责的，判决其在一定期限内履行。
人民法院管辖下列第一审行政案件：
(一)确认发明专利权的案件、海关处理的案件;
(二)对国务院各部门或者省、自治区、直辖市人民政府所作的具体行政行为提起诉讼的案件;
(三)本辖区内重大、复杂的案件。
法律依据：《中华人民共和国行政诉讼法》中有关内容的规定第十五条高级人民法院管辖本辖区内重大、复杂的第一审行政案件。
根据国务院以及地方政府出台的文件，对决策方案的合法性审查的主要内容包括：（一）决策主体是否于法有据；（二)决策程序是否依法履行；（三）决策内容是否符合法律、法规、规章和有关政策规定。依据为《法治政府建设实施纲要（2015－2020年）》第十七条：加强合法性审查。建立行政机关内部重大决策合法性审查机制，未经合法性审查或经审查不合法的，不得提交讨论。建立政府法制机构人员为主体、吸收专家和律师参加的法律顾问队伍，保证法律顾问在制定重大行政决策、推进依法行政中发挥积极作用。
法律分析：重大行政决策的法定程序包括公众参与、专家论证、风险评估、合法性审查、集体讨论决定。
法律依据：《重大行政决策程序暂行条例》
第十四条决策承办单位应当采取便于社会公众参与的方式充分听取意见，依法不予公开的决策事项除外。听取意见可以采取座谈会、听证会、实地走访、书面征求意见、向社会公开征求意见、问卷调查、民意调查等多种方式。决策事项涉及特定群体利益的，决策承办单位应当与相关人民团体、社会组织以及群众代表进行沟通协商，充分听取相关群体的意见建议。
第十九条对专业性、技术性较强的决策事项，决策承办单位应当组织专家、专业机构论证其必要性、可行性、科学性等，并提供必要保障。专家、专业机构应当独立开展论证工作，客观、公正、科学地提出论证意见，并对所知悉的国家秘密、商业秘密、个人隐私依法履行保密义务；提供书面论证意见的，应当署名、盖章。
第二十二条重大行政决策的实施可能对社会稳定、公共安全等方面造成不利影响的，决策承办单位或者负责风险评估工作的其他单位应当组织评估决策草案的风险可控性。按照有关规定已对有关风险进行评价、评估的，不作重复评估。
第二十五条决策草案提交决策机关讨论前，应当由负责合法性审查的部门进行合法性审查。不得以征求意见等方式代替合法性审查。决策草案未经合法性审查或者经审查不合法的，不得提交决策机关讨论。对国家尚无明确规定的探索性改革决策事项，可以明示法律风险，提交决策机关讨论。
第三十条决策草案应当经决策机关常务会议或者全体会议讨论。决策机关行政首长在集体讨论的基础上作出决定。讨论决策草案，会议组成人员应当充分发表意见，行政首长最后发表意见。行政首长拟作出的决定与会议组成人员多数人的意见不一致的，应当在会上说明理由。集体讨论决定情况应当如实记录，不同意见应当如实载明。
