司法会计鉴定与审计在概念、主体产生的程序、操作程序和结果的诉讼意义方面存在明显的差别。
2.1基本概念的不同
司法会计鉴定是一种法律诉讼活动，其鉴定的对象仅限于受诉讼机关委托的案件所涉及的财务问题或会计问题，只是查明案情，不会对其财务会计方面的其他问题进行事后监督或进行相关评价。而审计是一种监督、鉴证和评价活动，往往是受第三方或审计机关、被审计单位的委托，对其被审计单位的财务收支、财务状况、经营成果、现金流量、会计核算等方面经济监督活动，同时对其会计核算的公允性和合理性进审查，并对投资人和财务报告的使用者理解和使用有关财务信息容易产生误解的事项给予评价，往往审计结果是对发现的所有问题，非个别一般问题。
2.2主体的产生、地位和承担的责任不同
首先，产生的程序和要求不同。司法会计鉴定主体往往由诉讼机关指派或聘请产生，具备解决诉讼案件财务问题的专业知识和能力，且应符合不具备多种法定要求的回避情形。而审计的主体往往由审计机关派出或者由委托人委托会计师事务所履行审计职能，且专业知识要求比较宽泛，回避要求只要与被审计单位无利害关系就行，没有司法会计鉴定主体要求的回避情形多。从而看出司法会计鉴定主体比审计主体的要求更为严格。其次,地位不同。根据《刑事诉讼法》的规定，司法会计鉴定人是诉讼参与人，享有法定的诉讼权利和承担法定的诉讼义务。而审计主体不是法定的诉讼参与人，但如果审计主体所进行的审计事项被列为案件事实，可能成为案件的当事人或证人。这一差异决定了二者在诉讼案件审计所享有的权利和承担的义务不同。再次，承担的法律责任不同。司法会计鉴定主体承担着与实施鉴定有关的诉讼法律责任，如故意出具虚假结论性意见，就要承担伪证罪的刑事责任，如过失导致的不需要承担刑事责任；审计主体承担与实施审计有关的法律责任，如审计主体出具虚假的证明文件，不论是故意或过失，均要承担刑事责任。
2.3操作实施的程序不同
首先，获得证据的途径不同。司法会计鉴定人员获取检材可采取搜查强制手段获得，通常由侦查、检察和审判人员获取并提供。而审计人员往往由自己来搜集证据材料，不能采取强制措施。其次，操作实施方面的差异。司法会计鉴定的基本程序是先结论后验证，具体的操作程序通常包括鉴定准备（受理、受检、备检）、初步检验（阅卷、测试检材质量、作出初步结论、制定详细检验论证方案）、详细检验、制作鉴定意见四个阶段。审计的基本程序是先审计后结论，具体操作程序通常分为审计准备（接受委托、测验内部控制制度的建设情况，制定审计计划等）、实施审计、制作审计报告三个阶段。这一差异看出司法会计鉴定通常以案件调查为前提，而审计需要从头开始就实施调查，以做出总体评价为前提。再次，处理发现问题的差异。司法会计鉴定主体在鉴定中发现涉及案件的与鉴定有关或无关的问题证据时，总是第一时间告知送检单位或建议送检单位补充证据，由送检单位作出继续调查、收集或固定证据，司法鉴定人员不得自行处理；而审计主体可对发现的问题作出自行处理的决定。
2.4工作的结果不同
司法会计鉴定需要以固定的司法会计鉴定文书形式表达鉴定性意见，可能是司法会计鉴定书、司法会计分析意见书或司法会计咨询意见书等，此类文书，具有较强的针对性，如不能出具文书则出具终止司法会计鉴定通知书，说明不能出具的理由或原因，司法会计鉴定的结果必须对鉴定意见的论证依据和论证过程进行说明。而审计主体出具的文书有多种，往往对被审计单位的会计报表的合法性、公允性和会计处理方法的一贯性发表审计意见，通常具有表达评价性的意见，如管理建议书或审计报告等，审计报告包括无保留意见的审计报告、带强调事项段无保留意见的审计报告、无保留意见的审计报告、否定意见的审计报告、保留意见的审计报告、无法表示意见的审计报告，审计报告只有在特定的情况下，才被对审计结论的理由进行说明。从工作结果的不同可以看出，司法会计鉴定属于鉴定意见，带有一定的倾向性或确定性，而审计报告是审计意见，不具有确定性的意见，通常只是表达评价或提出建设性的管理意见。
一、鉴证业务与非鉴定业务两者性质范围不同。
鉴证业务是指注册会计师对鉴证对象信息提出结论，以增强除责任方之外的预期使用者对鉴证对象信息信任程度的业务。非鉴证业务，就是相关服务，税务代理、代编财务信息、对财务信息执行商定程序；指不包括上面的内容，即不带有审计、审阅、验资、审核、鉴证等字眼。
二、审计业务和非审计业务两者服务方向不同。
审计业务是指带有审计、验资的业务。非审计业务非审计服务是指除审计服务外的其他鉴证性服务、咨询服务和其他服务的总称。
独立性的经济监督活动
审计是指由专设机关依照法律对国家各级政府及金融机构、企业事业组织的重大项目和财务收支进行事前和事后的审查的独立性经济监督活动。
审计作为一种监督机制，其实践活动历史悠久。
审计报告有两种，一种是外部的，就是会计师事务所应公司要求出具的审计报告，具有法律效力。一种是内部的，由审计部门根据公司要求进行相关审计项目后出具的内部报告，对企业管理及决策层有参考作用，一般无直接法律效力。
审核报告企业内无此项目，在会计上到是有审核程序，但不需要出具报告。
验资报告，系企业成立或改制、增减资是由企业聘请会计师事务所出具的专项审计报告。
第一、报告名称不同，一个叫审计报告，一个叫企业所得税汇算清缴鉴证报告。第二、使用对象不同，前者可以广泛用于包括税务部门在内的政府机构部门，后者主要用于税务机关或审计机关。第三、报告内容不同，前者可以但并不限于包括所得税清缴事项，后者局限于所得税清缴事项，所以后者又可以称为专项审计报告。第四、审计依据不同，前者主要依据审计准则和会计制度等标准，后者主要依据税务法规文件，不主要依从会计法规。
