隐含回购利率主要针对国债期货市场，是指国债期货交割发票价与用于交割的国债现货价格的差额，该差额与用于交割的国债现货价格之比。具体来说，购买国债现货，卖空对应的国债期货，然后持有到期把现货国债用于对应国债期货的交割，这样获得的理论收益率就是隐含回购利率。
谈到隐含回购利率，重要的是如何计算隐含回购利率以及假设条件的设置。
如果在国债期货交割日之前没有利息支付，常见的隐含回购利率计算公式如下：
隐含回购利率=(发票价格-购买价格)/购买价格*（360/n）
其中，n是交割日之前的天数。
如果在交割日之前有利息支付，此时的隐含回购利率就是使得国债远期价格等于国债期货合约发票价格的融资利率。相关计算假定期间的利息支付将会对隐含回购利率进行再投资，假定在交割日之前只有一次利息支付，隐含回购利率可以如下公式计算得出：
隐含回购利率=[(发票价格+年利率/2-购买价格)/(购买价格-年利率/2) ]*（360/n）
其中，n是从息票支付日到交割日之间的天数，一年按360天计算。
隐含回购利率是可以锁定的收益率，在任何一个时刻，投资者可以买入现券国债，同时卖出国债期货，并持现券至到期交割，其中要以(1∶转换因子)的比例买入现券并卖出期货以锁定未来现金流。
隐含回购利率是一种理论上的收益率。在计算时需假定：对于一定数量国债现券的多头，做空了相应数量的国债期货合约，对应的转换因子假定为CF，且任何时候的利息收入都是以隐含回购利率进行再投资。即便如此，由于期货合约变动保证金支付的因素，投资者也只能获得近似的收益率。当价格下降时，可以从空头头寸中获得收益，且这些收益可以进行再投资来增加投资收益。当价格上升时，将支付变动的保证金，且必须为这些损失支付相应的融资成本，这些将导致持有现券头寸的收益降低。当然，就国债可以通过回购市场融通的情况来看，在回购协议中可能存在相互抵消的抵押品现金流。在这种情况下，实际的收益率与理论上的收益率差别可能就会很小。
隐含回购利率是一种理论上可以锁定的收益率，但在实际投资中可能会遇到一些风险：第一，在到期日，无论是国债空头平仓，还是买入国债期货合约，其价格与最后的交割结算价就会存在一定偏差，这会使得此时得到的收益率与用上述隐含回购利率公式计算出来的数值存在一定的偏差。不过一般情况下最后的交割结算价都是按照最后交易日全天成交价格按成交量的加权平均来计算，因此交割结算价与在最后交易日进行平仓或者开仓的价格不会相差很大；第二，如果按照期限套利的要求进行操作，即买入国债现券，做空国债期货合约以后，如果国债期货价格不降反而大幅上升，此时就会有保证金不足而被迫平仓的情况出现。一旦上述情况发生，投资者就无法通过到期交割获得隐含回购利率。
